Europaskolornas förvaltning
Europaskolan leds av en styrelse som består av representanter som utses av utrikesministerierna i de länder som undertecknat konventionen. Andra styrelsemedlemmar är kommissionens representant och bl.a. en representant för Europeiska Patentverket som finansierar skolverksamheten i München. I styrelsen sitter också representanter för rektorer, personalorganisationer, föräldraföreningen och eleverna.
Styrelsen bistås av huvudkontoret i Bryssel som ansvarar för den centraliserade förvaltningen och övervakningen. Huvudkontoret leds av en generalsekreterare som officiellt representerar styrelsen. Generalsekreteraren väljs för tre år åt gången. För tillfället fungerar Renée Christmann från Frankrike som generalsekreterare. Finlands representant i styrelsen är sakkunnig Marja-Leena Pernu från Utbildningsstyrelsen.
Under styrelsen lyder två nämnder, en för pedagogiska och en för administrativa och ekonomiska frågor. Nämnderna, d.v.s. skolinspektörsnämnderna (en för primärsektionen; år 1-5 och en för sekundärsektionen; år 1-7) och administrations- och ekonomikommittén, sammanträder före styrelsens möten. Varje medlemsland har även i dessa nämnder en representant som utses av undervisningsministeriet. Medlemmarna i skolinspektörsnämnderna är samtidigt nationella inspektörer som dels styr och övervakar verksamheten vid de egna språksektionerna, dels har hand om den allmänna pedagogiska ledningen och utvecklingen av Europaskolorna. Administrations- och ekonomikommittén bistår styrelsen i beslutsfattande. Tuulamarja Huisman är nationell inspektör för förskole-, primär- och sekundärnivå och Marja-Leena Pernu är medlem i administrations- och ekonomikommittén.
Europaskolorna är juridiskt självständiga aktörer. Alla skolor har en egen direktion (Administrative Board) och skolorna leds av en rektor samt två biträdande rektorer.
Vid sidan av skolans direktion leds en Europaskola av en rektor och två biträdande rektorer, en för förskole- och primärsektionen och en för sekundärsektionen. Undervisningspersonalen indelas i s.k. utsända lärare och lokalt anställda timlärare.Hösten 2007 hade Europaskolorna sammanlagt cirka 1340 utsända lärare. Timlärarnas andel utgör i medeltal 25 % av hela undervisningspersonalen. Övrig personal, inklusive personalen på huvudkontoret, fanns det totalt ungefär 340 personer.
Då ett medlemsland beslutar att inrätta en språksektion förbinder landet sig samtidigt att sända ut heltidsanställda lärare enligt behov. De utsända lärarna har ett arbetsförhållande både med den nationella myndighet som sänt ut dem och med den Europaskola där de undervisar. I skolorna i Bryssel och Luxemburg finns ungefär 30 anställda finska lärare och rektorer.
I Europaskolorna finns också bl.a. studiehandledare och bibliotekarier som stödjer lärarna i deras arbete. Skolans ledning anställer timlärare lokalt. Också skolans administrativa och övriga personal är i huvudsak lokalt anställda.
Finansiering och kostander
För finansieringen av Europaskolornas verksamhet svarar kommissionen och medlemsländerna. Medlemsländernas finansiering består av de löner inklusive lagstadgade avgifter som betalas till de lärare som länderna utsänt. Enligt finansieringsreglerna för Europaskolorna finansierar kommissionen skillnaden mellan skolornas driftsutgifter och inkomster (medlemsländernas finansiering, terminsavgifter och andra inkomster). Europaskolornas förvaltning sköts i kommissionen av generaldirektoratet för personal och administration. Europaskolornas totala utgifter år 2007 var ungefär 210 miljoner euro, varav kommissionens andel utgjorde cirka 55 % och medlemsländernas andel cirka 25 %. Terminsavgifter och övriga elevavgifter täckte ungefär 22 % av skolornas driftsutgifter. Det land där Europaskolan ligger svarar för byggandet av skolfastigheten samt kostnaderna för fastighetsanläggning och -underhåll.
Föräldraföreningar
Alla Europaskolor har egna föräldraföreningar som tillsammans väljer en representant till Europaskolornas officiella beslutsfattande organ. Föräldraföreningen har en mycket stor betydelse och roll i skolornas vardag. Föräldraföreningen svarar till stor del för bl.a. skolbespisning, skoltransporter och fritidsverksamhet (körer och orkestrar mm.).