Opetushallitus hallinnoi 12:a valtion oppilaitosta. Sen alaisuudessa on seitsemän yleissivistävää erityisoppilaitosta, kaksi kielikoulua, Helsingin eurooppalainen koulu, Saamelaisalueen koulutuskeskus SAKK ja Merenkulun turvallisuuskoulutuskeskus Meriturva. Lisäksi virasto huolehtii valtion koulukotien perusopetuksesta.