Valtionavustusta saa käyttää ainoastaan valtionavustuspäätöksen mukaiseen tarkoitukseen ja päätöksessä kuvattuna käyttöaikana. Avustettavan hankkeen toteutuneita kustannuksia (sisältäen omarahoitusosuuden ja myönnetyn avustuksen), tuloja ja muita rahoituseriä tulee seurata kirjanpidossa omalla kustannuspaikalla. Myös luonnollisen henkilön tulee pitää kirjaa avustuksen käytöstä.
Opetushallitus valvoo valtionavustuksen käyttöä. Valtionavustuksen saaja on velvollinen toimittamaan Opetushallitukselle avustuksen käyttö- ja seurantatietoja sekä muita valvonnan kannalta tarpeellisia tietoja.
Eri valtionavustusten ja myös samalle hankkeelle eri vuosina myönnettyjen avustusten kirjanpito tulee pitää erillään toisistaan omilla kustannuspaikoillaan. Kustakin avustuksesta tehdään oma erillinen loppuselvitys.