Mikael Agricolan lapsuuskoti oli Pernajassa, Torsbyn kylässä, itäisellä Uudellamaalla sijainnut maatalo, joka hieman myöhemmin on saanut Mikael Agricolan sisarenpojan, Sigfrid Maununpojan, mukaan nimen Sigfrids. Tämä Sigfrid hoiti tilaa ja omisti siitä osan 1600-luvun alussa. Pernaja on vanhaa kulttuuriseutua, joka on muodostanut itsenäisen seurakunnan jo 1300-luvun lopulta alkaen.
Agricolan isä oli varakas maanviljelijä nimeltään Olavi. Ajan tavan mukaan Agricola käytti usein lisänimeä Olaui eli ’Olavinpoika’ eräänlaisena sukunimenä. Viipurin koulussa hän opettajansa Johannes Erasmuksenpojan ohjeiden mukaan otti itselleen myös latinankielisen lisänimen Agricola, joka merkitsee maanviljelijää.
Agricolan äidistä ei tiedetä yhtään mitään. Eräät tutkijat ovat arvelleet, että hän olisi saattanut olla suomenkielinen. Tämä voisi selittää, miksi Agricola oppi niin täydellisesti suomea Pernajassa, joka 1500-luvulla on ollut jokseenkin täysin ruotsinkielistä seutua.
Agricolalla oli kolme sisarta. Heidän nimiään ei tiedetä, mutta heidän puolisonsa olivat kirjuri Klemetti Henrikinpoika Krook, nimismies Tuomas Laurinpoika ja maanomistaja Mauno Jönsinpoika. Viimeksi mainitun poika oli Sigfrid, jonka mukaan kotitila sai nimensä. Tuomas Laurinpojalla ja hänen vaimollaan oli yksi tytär, sen sijaan kirjuri Klemetti Henrikinpoika ja hänen vaimonsa olivat lapsettomia. Sukua jatkoi Sigfridin tytär, joka meni naimisiin Pernajan Garpgårdin isännän Sigfrid Niilonpojan kanssa. Heidän poikansa Daniel Thorsberg puolestaan oli Uudenmaan lääninrahastonhoitaja ja manttaalikomissaari 1600-luvulla. Tähän sukuhaaraan kuuluvia henkilöitä elää edelleen sekä Suomessa että ulkomailla.
Mikael Agricolalla ja hänen vaimollaan Birgitta Olavintyttärellä oli yksi poika, Kristian. Mikael Agricola oli pojastaan ilmeisen ylpeä, sillä tämän syntymästä on mainittu eräissä Agricolan suomentamissa teoksissa. Kristian Agricolasta tuli myöhemmin Tallinnan piispa, mutta hänellä oli vain yksi tytär, Brita. Mikael Agricolan suku sammui mieslinjalla hänen poikansa myötä. Pojantyttären kautta linja jatkui 1700-luvulle asti.