Oppilaiden perusoikeuksiin voidaan puuttua vain lain nojalla. Perusopetuslain 29 §:n 4 ja 5 momentin nojalla voidaan järjestyssäännöissä antaa koulun sisäistä järjestystä, opiskelun esteetöntä sujumista sekä kouluyhteisön turvallisuutta ja viihtyisyyttä edistäviä määräyksiä. Järjestyssäännöissä ja muissa järjestysmääräyksissä voidaan antaa kouluyhteisön turvallisuuden ja viihtyisyyden kannalta tarpeellisia määräyksiä käytännön järjestelyistä ja asianmukaisesta käyttäytymisestä sekä tarkempia määräyksiä kielletyistä esineistä tai aineista sekä niiden käytöstä ja säilytyksestä. Lisäksi määräyksiä voidaan antaa koulun omaisuuden käsittelystä, koulun tilojen siisteydestä huolehtimisesta sekä oleskelusta ja liikkumisesta koulurakennuksissa ja koulun alueella.
Perusopetuslain 29 §:n 4 momentin mukaan oppilas ei saa käyttää puhelinta tai muuta mobiililaitetta oppitunnin aikana lukuun ottamatta niiden käyttöä opettajan luvalla oppimistarkoitukseen taikka rehtorin tai opettajan luvalla henkilökohtaiseen terveydenhoitoon taikka 31 §:ssä tarkoitettuna apuvälineenä. Järjestyssäännöissä tulee 29 §:n 5 momentin mukaan määrätä puhelimien ja muiden mobiililaitteiden säilytyksestä oppitunnilla sekä niiden käytöstä ja säilytyksestä työpäivän aikana muulloin kuin oppitunneilla.
Järjestyssääntöihin voidaan ottaa lakiin kirjattuja säännöksiä, esimerkiksi oppilaan oikeuksista ja velvollisuuksista sekä kasvatuksellisista toimista, kurinpitokeinoista, turvaamistoimista ja muista seuraamuksista. Järjestyssäännöillä ei saa poiketa lainsäädännön ehdottomista säännöksistä. Järjestyssääntöjä laadittaessa tulee perusopetuslain 3 a §:n mukaisesti huomioida lapsen etu, mikä sisältää ennen kaikkea lapsen oikeuksien turvaamisen. Haluttaessa järjestyssäännöt voidaan kirjoittaa sitoumusmuotoon, mutta velvoittavien kohtien tulee käydä tekstistä selkeästi ilmi. Järjestyssääntöihin voi sisältyä myös viihtyisyyttä ja turvallisuutta lisääviä suosituksia, mutta järjestyssäännöistä tulee käydä ilmi, mitkä osat ovat lainsäädäntöön perustuvia velvoittavia säännöksiä ja määräyksiä, ja mitkä suosituksia.
Järjestyssääntöihin ei voida kirjata lakiin perustumattomia kasvatuksellisia toimia, kurinpitokeinoja ja turvaamistoimia. Järjestyssääntöjen rikkomisesta voidaan määrätä ainoastaan perusopetuslain 35 – 36 i §:ssä, lukiolain 41-48 §:ssä sekä ammatillisesta koulutuksesta annetun lain 85-93 §:ssä säädettyjä kasvatuksellisia toimia, kurinpitokeinoja tai muita lainsäädännön mukaisia seuraamuksia ja käyttää lainsäädännön mukaisia turvaamistoimia. Aikuisten perusopetukseen sovelletaan vain niitä opiskelijan oikeuksiin ja velvollisuuksiin liittyviä pykäliä, jotka on mainittu perusopetuslain 46 §:n 1 momentissa. Suosituksen noudattamatta jättämisestä ei voi seurata kurinpidollisia toimia tai muita seuraamuksia, mutta niiden vastaiseen toimintaa voidaan puuttua pedagogisin keinoin.
Järjestyssäännöt sisältävät yleisiä koulussa noudatettavia sääntöjä. Rehtorin ja opettajan tulee puuttua lainsäädännön vastaiseen käyttäytymiseen, vaikkei järjestyssäännöissä asiasta määrättäisi.
Asiassa OKV/427/1/2011 oikeuskansleri totesi, että järjestyssäännöissä käsitellään usein muitakin kuin lain edellyttämiä asioita. Niissä saatetaan ohjata hyvän tavan mukaiseen käyttäytymiseen, antaa yleisiä elämänohjeita, viitata voimassaoleviin muihin sääntöihin. Tähän ei sinänsä ole estettä. Varsinaisten järjestyssääntöjen ja muun ohjeistuksen välisen eron tulee kuitenkin olla selvä niin, ettei lukijalle synny käsitystä, että muu ohjeistus olisi oikeudellisesti samanveroista kuin lain edellyttämät määräykset
Asiassa OKV/896/1/2013 ja OKV/1425/1/2014 oikeuskansleri totesi, että oppilaiden yleiset, kaikille kuuluvat perusoikeudet voivat olla jännitteessä heidän opetuksen saamiseen liittyvien oikeuksiensa kanssa. Perusoikeuksien ristiriitatilanteessa niitä joudutaan punnitsemaan keskenään. Harkinnassa on kysymys siitä, missä määrin yhtä tai useampaa perusoikeutta voidaan rajoittaa jonkin toisen tai toisten perusoikeuksien toteutumiseksi. Koska perus- ja ihmisoikeuksilla ei ole yleisellä tasolla ehdotonta etusijajärjestystä, niiden painoarvo voi vaihdella tapauskohtaisesti. Koulujen järjestyssääntöjä vahvistettaessa on harkittava, missä määrin oppilaille kuuluvia yleisiä perusoikeuksia voidaan rajoittaa, jotta myös heidän oikeutensa asianmukaiseen opetukseen ja turvalliseen oppimisympäristöön voidaan turvata. Mikäli järjestyssäännöillä kavennetaan oppilaiden perusoikeuksia koulun turvallisuuden tai työrauhan takaamiseksi, rajoitusten on täytettävä perusoikeuksien rajoittamisen yleiset edellytykset. Järjestyssäännöissä asetettujen rajoitusten tulee siten olla kyseisiin tavoitteisiin nähden järkevässä ja kohtuullisessa suhteessa. Järjestyssäännöillä voidaan oppilaiden perusoikeuksia rajoittaa vain siinä määrin kuin turvallisuuden ja työrauhan toteuttaminen välttämättä vaatii.
Perusopetuslain järjestyssääntöjä, mobiililaitteiden käytön rajoituksia ja kurinpitokeinoja koskevia säännöksiä sovelletaan myös esiopetukseen. Varhaiskasvatuslaissa ei ole vastaavia säännöksiä esiopetusta täydentävän varhaiskasvatuksen osalta. Varhaiskasvatuksessa ei saa käyttää kurinpitokeinoja, vaan lasten epäasialliseen käyttäytymiseen puututaan pedagogisin keinoin. Opetushallitus suosittelee lasten ikä- ja kehitystaso huomioiden, että oppilaan käyttäytymiseen esiopetuksessa puututtaisiin lähtökohtaisesti samalla tavoin kuin täydentävässä varhaiskasvatuksessa.