Koulussa vähemmistöuskontojen opetus mielletään tavallisesti pienryhmissä tapahtuvaksi, mikä onkin pitänyt paikkaansa uuden perusopetuslain voimaantuloon eli 1.1.2003 saakka. Sen jälkeen ortodoksisen uskonnon osalta ei enää ole voitu puhua pienryhmäopetuksesta perinteisessä mielessä. Opetusryhmiä voidaan nyt muodostaa perusopetuksen luokilta 1‒9. Muiden vähemmistöuskontojen kohdalla tilanne on sama, mutta ryhmät eivät ole kasvaneet samassa suhteessa kuin ortodoksisessa opetuksessa. (Aikonen 2007, 61.)
Opettajan suurin haaste tarkoituksenmukaisen opetustilan järjestymisen jälkeen on opetusryhmän heterogeenisyys. Oppilaiden kognitiivinen kehitysikä ja koulunkäyntivalmiudet vaihtelevat samanikäistenkin kesken. Oppilaiden keskinäinen erilaisuus korostuu uskonnonopetusryhmässä tavallista luokkatilannetta enemmän: Oppilaat ovat eri-ikäisiä. Heillä ei ole yhteistä oppisisältöä opiskeltavanaan. Heidän omaan uskontoonsa liittyvät kokemukset, tiedot, taidot ja muut valmiudet ovat erilaiset. (Aikonen 2007, 61.)
Tällaisessa yhdysryhmässä oppilaat tapaavat toisensa yleensä vain kerran viikossa. Tämä on suuri ero verrattuna yhdysluokkaopetukseen, jossa eri-ikäiset oppilaat ovat tekemisissä toistensa kanssa päivittäin. Yhdysluokka vaikuttaa merkittävästi oppilaiden sosiaalisiin taitoihin ja ryhmässä toimimisen valmiuksiin eri-ikäisten kanssa. Uskonnonopetuksen yhdysryhmissä opettajan syyslukukauden keskeinen tehtävä onkin oppilaiden tutustuttaminen toisiinsa ja perehdyttäminen opetuksen pedagogisiin toimintamalleihin. Oppilaiden ryhmäytymiseen käytetty aika maksaa itsensä takaisin joustavana vuorovaikutustyöskentelynä ja toimintatapoina eri-ikäisten välillä. Ryhmäytymiseen voidaan käyttää erilaisia leikkejä ja harjoituksia. (Hyyrö 2010, 9.)
Yhdysryhmän vuoksi opetus vaatii erityisiä pedagogisia järjestelyjä. Kolmea tai useampaa pedagogista ryhmää ei voi laittaa vuorottelemaan äänekkään ja hiljaisen työskentelyn välillä yhden oppitunnin aikana kuten perinteisessä yhdysryhmäopetuksessa. Koulua vaihtavan tai oppilaita toiselta koululta odottavan opettajan opetukseen käytettävissä olevaa tehokasta työskentelyaikaa on usein 20–25 minuuttia. Nopeatempoisen opetusrytmin oppimistuokioiden on oltava riittävän aktiivisia ja mukaansatempaavia, mutta samalla perustua oppilaiden valmiuksiin.
Tavallisesti opettaja aloittaa tunnin yhteisellä osiolla, joka voi liittyä esimerkiksi kirkkovuoden ajankohtaiseen teemaan, tulevaan tai jo menneeseen juhlaan tai tapahtumaan. Ajankierron lisäksi yhteiseen aloitukseen sopivat oppilaita lähellä olevat ja muut ajankohtaiset teemat. Opettajan pedagogiset ratkaisut heterogeenisessä pienryhmässä painottuvat eriyttämiseen, yhtenäistämiseen ja periodistamiseen sekä pitkäjänteiseen suunnitteluun ja näiden didaktiseen vuorotteluun. Omaa uskontoa edustavien ja muiden sidosryhmien vierailijat tuovat opetukseen kokemuksellisuutta ja käytännön ulottuvuutta. Pedagogisessa mielessä on huomioitava se, että mitä nuoremmista oppilaista on kyse, sitä vähemmän tulisi käyttää oppilaan itsenäistä ja äänetöntä työskentelyä. Keskustelumahdollisuuksien tarjoaminen on esi- ja alkuopetuksessa keskeisessä asemassa sekä uskontoon liittyvien kysymysten että uskonnollisen ajattelun kehittymisen kannalta. (Aikonen 2007, 62.)