Opetushallituksen alaisena on kuusi valtionoppilaitosta, joita Opetushallitus tulosohjaa. Oppilaitoksiin kuuluu yleissivistävä erityisoppilaitos, oppimis- ja ohjauskeskus Valteri, kaksi kielikoulua (Helsingin ranskalais-suomalainen koulu ja Suomalais-venäläinen koulu), Helsingin eurooppalainen koulu sekä kaksi ammatillista oppilaitosta (Saamelaisalueen koulutuskeskus ja Meriturva).

Valtion oppilaitosten lisäksi Valtion koulukotikoulu kuuluu Opetushallituksen tulosohjaukseen. Tulosohjausta johtaa kouluneuvos Jorma Kauppinen yhteistyössä viraston eri yksiköiden kanssa.