Opetushallituksella on oikeus suorittaa avustuksen käytön valvonnassa tarpeellisia tarkastuksia avustuksen saajan sekä yhteishankkeiden yhteistyökumppanien talouteen ja toimintaan. Käytännössä Opetushallitus tekee loppuselvityksen perusteella kaikkiin hankkeisiin kaksivaiheisen perustarkastuksen, joka käsittää sisällöllisen asiatarkastuksen sekä taloustarkastuksen. Lisäksi osa hankkeista tarkastetaan paikan päällä perusteellisemmin.
Valtionavustuksen saajan on korvauksetta annettava tarkastusta suorittavalle virkamiehelle ja tilintarkastajalle kaikki tarkastuksen kannalta tarpeelliset tiedot ja selvitykset, asiakirjat, tallenteet ja muu aineisto sekä muutoinkin avustettava tarkastuksessa. Opetushallitus voi myös valtuuttaa toisen viranomaisen tai ulkopuolisen tilintarkastajan tekemään tarkastuksia.
Hankkeen kirjanpidon tositteet tulee säilyttää kirjanpitolain mukaisesti vähintään kuusi (6) vuotta sen vuoden lopusta, kun tilikausi on päättynyt. Hankinta- ja muut sopimukset on dokumentoitava ja arkistoitava.
Valtionavustuslain 28 §:n mukaan mahdollisuus avustuksen takaisinperintään päättyy, kun kymmenen (10) vuotta on kulunut valtionavustuksen tai sen viimeisen erän maksamisesta.